Прокладывая путь сквозь шахты Филипп обнаруживает, что шахты населены враждебными существами: одичавшими псами, гигантскими пауками и червями колоссальных размеров. Из обрывков газет и разбросанных записей Филиппу удается узнать, что некое тайное общество занималось в шахтах изучением аномальных явлений.

В конечном итоге, Филипп попадает в область шахты, где все это время его ждал Рыжий. Выясняется, что истинное имя Рыжего - Том. Том "Рыжий" Редвуд, волею судьбы оказавшийся в шахте и пребывавший здесь в течение долгого времени. Если верить одной из записок, найденных в комнате Рыжего, несчастный живет в шахтах в одиночестве с 14 лет, питаясь преимущественно пауками и личинками. Главный герой обнаруживает Тома спрятавшимся в огромной печи, откуда тот не желает выходить. Рыжий признается, что все это время вел героя отнюдь не потому, что знает ответы на все вопросы, а просто потому, что ему не с кем было поговорить. Несчастный просит Филиппа лишь об одном - убить его. Впавший в отчаяние Рыжий не мог больше выносить тягот и одиночества. Филиппу ничего не остается, кроме как выполнить последнюю просьбу человека, ставшего его единственным другом и проводником в лабиринте шахт. Среди пепла Филипп находит ключ к двери, ведущую в другую область, которая помечена на карте как «Убежище». Спустившись по лестнице и оказавшись в темном коридоре, Филипп замечает вдали существо, похожее на человека. Герой решает выяснить кто это и направляется к незнакомцу. Внезапно в коридоре выключается свет. Пройдя еще с десяток метров, таинственное существо оглушает Филиппа и утаскивает во тьму. Дальнейшее месторасположение Филиппа Лафреска остается неизвестным.

На этом игра заканчивается.

Несмотря на то, что разработчики называют Penumbra adventure с видом от первого лица, в игре смешаны жанры ужастика на выживание (survival horror), шутера от первого лица и приключения (adventure). Используя физический движок Newton Game Dynamics, создатели смогли добиться потрясающего эффекта присутствия. Движение предметов в игре производится не кликом мыши, что было бы типично для adventure, а движением. Например, для того, чтобы открыть дверь, её нужно взять за ручку (клик левой кнопкой мыши) и произвести мышью движение, как бы «потянув» дверь на себя. При этом игрок может открыть дверь полностью, либо слегка приоткрыть её.

В игре нет огнестрельного оружия, таким образом Филиппу придется обходиться подручными средствами: отбиваться от монстров молотком, киркой, либо бросая в них различные предметы, которых в изобилии в туннелях шахт. Игра разработана по принципу, что конфликт лучше предотвратить, нежели его решать. Например, Филипп может затаиться в тени, либо задержать врагов, забаррикадировав дверь позади себя.

В процессе игры игроку придется систематизировать сведения, полученные из обрывков газет и записок покойных шахтеров, комбинировать различные предметы и решать с их помощью предлагаемые загадки. Например, Филиппу придется самостоятельно отыскать ингредиенты для создания взрывчатки, приготовить её, сверяясь со справочником химических веществ, и взорвать с её помощью завал, преградивший путь к Рыжему.